Custom Service


บริการวิเคราะห์ลำดับเบสแบบ Next Generation Sequencing (NGS)

การอ่านลำดับนิวคลีโอไทด์ (DNA sequencing) สามารถใช้เทคนิค Sanger sequencing (dideoxy หรือ chain termination) ได้ แต่การหาลำดับเบสด้วยเทคนิค Sanger sequencing ถือเป็นวิธีที่มีประสิทธิภาพ (output) ไม่สูง เนื่องจากเป็นการเรียงลำดับเบสได้ครั้งละ 1 ตัวอย่างเท่านั้น จึงมีการพัฒนาวิธีการค้นหาลำดับนิวคลีโอไทด์แบบใหม่มาใช้ ซึ่งวิธีนี้มีความสามารถในการหาลำดับนิวคลีโอไทด์ในปริมาณที่มาก (high- throughput) สามารถทำได้หลายตัวอย่างในเวลาเดียวกัน (multiplexing) และมีความไวในการตรวจหาการกลายพันธุ์ของ DNA สูง (high sensitivity) ซึ่งวิธีนี้เรียกว่า Next Generation Sequencing (NGS)

Next generation sequencing (NGS) เป็นเทคโนโลยีการหาลำดับเบสที่พัฒนาขึ้นใหม่ มีความสามารถในการเรียงลำดับนิวคลีโอไทด์ได้จำนวนมาก และเป็นเทคนิคที่นำมาใช้สำหรับงานวิจัยปัจจุบันอย่างแพร่หลาย เพื่อศึกษาหาลำดับนิวคลีโอไทด์ของสารพันธุกรรมทั้งหมดของสิ่งมีชีวิตที่สนใจ ซึ่งเป็นองค์ประกอบที่สำคัญที่สุดในการศึกษาทางด้านจีโนมิกส์ (Genomic) Next generation sequencing (NGS) ที่ใช้ในปัจจุบันได้แก่ การหาลำดับเบสของ RNA คือ Transcriptome (RNA-sequencing), การศึกษาความหลายหลากของแบคทีเรีย Metagenomic sequencing (Metagenome) การหาลำดับเบสของสารพันธุกรรมทั้งหมด Whole genome sequencing (WGS), การเลือกอ่านเฉพาะลำดับนิวคลีโอไทด์บางส่วน เช่น Exome sequencing, Targeted Sequencing และ panel sequencing ทั้งนี้ Next generation sequencing (NGS) ยังครอบคลุมไปถึง Epigenome sequencing เช่น การดู Methylation, mRNA expression ด้วยการทำ Next generation sequencing (NGS) ด้วย

บริษัท Macrogen ถือว่าเป็นบริษัทที่มีชื่อเสียงมากกว่า 20 ปี และเป็นผู้นำด้านบริการค้นคว้างานที่มีความเกี่ยวข้องกับ genomics ทั้ง Sanger sequencing และ Next generation sequencing (NGS) รวมถึงการวิเคราะห์ข้อมูลด้วยโปรแกรมทาง bioinformatics ที่มีคุณภาพและตรงตามความต้องการของลูกค้า รวมไปถึงบริษัท Macrogen มีเครื่อง Next generation sequencerสามารถรองรับได้ทุก applications ของงานNext generation sequencing (NGS) เช่น เครื่อง illuminar Hiseq, เครื่อง illuminar NextSeq, เครื่องilluminar Miseq, เครื่อง Pacific bioscience (Pacbio), เครื่องบริษัทThermofisher, เครื่องบริษัทRoche เป็นต้น

eneration sequencing (NGS) มี application ต่างๆ ที่เหมาะสมและรองรับความต้องการของานวิจัยได้อย่างหลากหลายดังนี้

1. Whole Genome Sequencing (WGS) เป็นเทคนิคที่ใช้ในการศึกษาลำดับนิวคลีโอไทด์ที่สมบูรณ์ในสิ่งมีชีวิต (complete DNA) ไม่ว่าจะเป็น chromosomal DNA ที่มีส่วนประกอบของ DNA จาก mitochondia ที่ได้จากสัตว์ หรือส่วนของ chloroplast ที่ได้จากพืช โดยใช้ข้อมูลที่อ่านได้มาวิเคราะห์หาความสมบูรณ์ของข้อมูลและนำไปวิเคราะห์หา species ต่อไป

2. Exome sequencing เป็นการเลือกอ่านเฉพาะลำดับนิวคลีโอไทด์ที่เป็นส่วน coding regions ของ human genome/mouse genome/canine genome ซึ่ง RNA ดังกล่าวจะถูก transcript เฉพาะใน cell บางกลุ่มเท่านั้น และส่งผลให้เกิดโรคได้มากถึง 85%

3. Targeted panel sequencingเป็นการศึกษาพันธุกรรมพื้นฐานของมนุษย์ เพื่อให้เข้าใจถึงการเกิดโรค โดยจะทำการ screen ลำดับนิวคลีโอไทด์ เพื่อให้ทราบถึงความหลากหลายของพันธุกรรมที่มีการ mutation ไปจากเดิมด้วย well characterized gene sets ที่เหมาะสมต่อโรคและ target นั้นๆ เช่น breast cancer panel, lung cancer panel, leukemia cancer panel

4. Transcriptome sequencing (RNA-seq) เป็นการศึกษาลำดับ RNA ทั้ง coding อย่าง mRNA และ non coding RNA เช่น small RNA อย่าง miRNA, siRNA, piwiRNA ของสิ่งมีชีวิต โดยเป็นการศึกษาการทำงานที่หลากหลายของยีน เช่น

  • mRNA sequencing เป็นการเปรียบเทียบรูปแบบการแสดงออกของยีนม ข้อมูลของยีนแต่ละ isoforms, การเกิด splicing variats, fusion genes และ SNP
  • small RNA sequencing เป็น RNA ที่ผ่านการ encode จากพืชหรือสัตว์ที่ทำหน้าที่ตอบสนองต่อการควบคุมการแสดงออกของยีน โดยทาง macrogen สามรถ sequencing และตรวจสอบในเชิงปริมาณของกลุ่มตัวอย่างได้ตั้งแต่ miRNA, siRNA, piRNA รวมไปถึงnon-coding RNA อื่นๆ

5. Epigenomic sequencing เป็นการตรวจสอบ epigenetic modification ซึ่งเป็นการเปลี่ยนแปลงที่มีผลต่อการแสดงออกของยีน แต่ไม่มีผลทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงของลำดับ DNA ด้วยสมบัติของ epigenetic modification ส่วนใหญ่ทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงของ DNA methylation และ histone รวมถึงการควบคุมแสดงออกของยีน

6. Metagenome Sequencing เป็นการศึกษาสารพันธุกรรมทั้งหมดที่มีอยู่ในสิ่งแวดล้อมที่สนใจ เช่น จุลินทรีย์ในดิน, จุลินทรีย์ในน้ำ เป็นต้น รวมถึงสามารถวิเคราะห์ทั้งในเชิงคุณภาพและปริมาณ รวมถึง community ของจุลินทรย์ได้อีกด้วย

สอบถามรายละเอียดบริการและสินค้าเพิ่มเติมได้ที่

แผนก Technical support e-mail: macrogenpm@gibthai.comหรือฝ่ายขาย Life Science product โทร. 02-2748331

 

ContactGibthai
Copyrights © 2015 & Gibthai Co., Ltd. All Rights Reserved
Privacy Policy |   Terms of Service