FAQs
เอนไซม์ Dicer และ RNase III ทำงานแตกต่างกันอย่างไรในการเข้าไปตัดเส้น sdRNA
ตอบ: RNase III จะทำงานตัด dsRNA เส้นยาวให้เป็นเส้นนิวคลีโอไทด์ที่มีขนาดเล็กประมาณ 12-15 ซึ่งจะตัดได้เส้นที่สั้นกว่าการตัดด้วย Dicer คะ
จะรู้ได้อย่างไรว่า RNAi ที่สั่งสังเคราะห์มีผล knockdown ยีนที่ต้องการได้จริง
ตอบ: จริงๆแล้วการดูผลการ knockdown ของยีนจะต้องดูตอนทำแลปไปแล้ว่าได้ผลมากน้อยแค่ไหน แต่ Invitrogen มีโปรแกรมที่สามารถช่วยเราออกแบบเส้น RNAi ที่มีประสิทธิภาพในการทำงานมากที่สุด ซึ่งสามารถเข้าไปใช้โปรแกรมได้ที่ www.invitrogen.com/RNAi
หากสั่งสังเคราะห์ RNAi oligos จากบริษัท Invitrogen ทางบริษัทมีการ guarantee เส้น oligos ที่สั่งอย่างไร
ตอบ:
- validated Stealth RNAi DuoPak ซึ่งเป็น RNAi ที่ผ่านการทดสอบแล้วว่ามีประสิทธิภาพในการ knockdown ได้อย่างน้อย 70% เราจะรับประกันให้ว่าสามารถ knockdown ยีนเป้าหมายได้แน่นอน
- Stealth select 3 RNAi set เป็น RNAi ที่ต้องสั่งทั้ง set 3 เส้น รับประกันอย่างน้อย 2 ใน 3 เส้นนี้สามารถ knockdown ยีนเป้าหมายได้แน่นอน หากไม่สามารถ knockdown ได้ เราจะออกแบบเส้นใหม่ให้ทันที
- Custom Stealth RNAi เป็น RNAi ที่ลูกค้าออกแบบเองหากลูกค้าออกแบบโดยใช้ Block it RNAi designer ที่หน้า website ของบริษัท Invitrogen แล้วสั่งซื้อโดยเลือกจาก Top ranking 3 อับดับแรก อย่างน้อย 2 ใน 3 เส้นจะ knockdown ได้ 70% หากสั่งซื้อเพียงเส้นเดียว ทาง Invitrogen ไม่มีการรับประกันให้ค่ะ
บริษัท Invitrogen มีวิธีการควบคุมคุณภาพการสังเคราะห์ RNAi oligos ด้วยวิธีใด
ตอบ: ในการสังเคราะห์ RNAi oligos นั้นจะติดตามผลด้วย Trityl analysis และสุดท้ายจะทดสอบด้วยเครื่อง mass spectroscopy คะ
ความยาวสูงสุดของสาย RNAi oligos ที่บริษัท Invitrogen รับสังเคราะห์ให้คือกี่เบส
ตอบ: 50 เบส
มีวิธีการวัดหรือตรวจสอบการทำงานของ RNAi (knockdown) ได้อย่างไร
ตอบ: โดยปกติแล้วการจะวัดประสิทธิภาพหรือการ knockdown ของยีนได้นั้น สามารถทำได้ 2 แบบคือ วัดระดับแปลรหัส (transcription) เพื่อดู mRNA level ว่ามีการลดลงหรือไม่โดยการทำ real-time PCR หรือวัดในระดับการถอดรหัส (translation) เพื่อดูการแสดงออกของโปรตีน โดยการทำ western blot
RNAi oligos มีความเสถียรและคงทนได้นานเท่าไร
ตอบ: หากเก็บ RNAi oligos ไว้ที่อุณหภูมิ -20oC จะสามารถเก็บได้นานถึง 6 เดือนคะ
หากสั่งสังเคราะห์ RNAi กับบริษัท Invitrogen จะสามารถ modify ที่ปลาย 5 end ตัวไหนได้บ้าง
ตอบ: บริษัท Invitrogen สามารถ modified สาร phosphate, biotin และ fluorescein ที่ปลาย 5’ end ของเส้น RNAi ได้คะ
สามารถทำ co-transfected siRNA และพลาสมิด เข้าเซลล์พร้อมกันได้หรือไม่
ตอบ: ได้คะ โดยนำโมเลกุล RNAi และพลาสมิดดีเอ็นเอที่ต้องการเข้าเซลล์ด้วย lipofectamine 2000
หากสั่งสังเคราะห์ RNAi มาแล้ว ควรจะทำการละลาย RNAi oligo ด้วยอะไร
ตอบ: แนะนำให้ละลาย single strand RNA oligo ด้วย 1xTE buffer (10mM Tris HCl, pH 8.0, 0.1 mM EDTA) หรือจะใช้ RNase free water ก็ได้ ส่วน Duplex RNA (siRNA) ละลายด้วยน้ำได้เลยคะ เนื่องจาก RNA มาในรูปแบบ lyophilized ที่อยู่ในบัฟเฟอร์อยู่แล้ว
siRNA คืออะไร และมีหลักการทำงานอย่างไร
ตอบ: siRNA ย่อมาจาก small interfering RNAs ซึ่งเป็นอาร์เอ็นเอสายคู่ ที่ทำหน้าที่ตัด RNA ที่มีอยู่ในเซลล์ เพื่อไม่ให้เกิดการแสดงออกของยีน โดยการนำเข้าเซลล์ด้วยวิธีการ transfection ซึ่งการทำงานแบบนี้เรียกอีกอย่างว่า RNA interference (RNAi) อ่านรายละเอียดเพิ่มเติมได้ที่ www.gibthai.com หัวข้อ technical note เรื่อง Block it RNAi technologies
