Product Articles

Life Science

Collibri library preparation kit for Next Generation Sequencing

ปัจจุบันเทคโนโลยีการทำ Next Generation Sequencing ได้รับความนิยมจากนักวิจัย และบุคลากรทางการแพทย์เป็นอย่างมาก เนื่องจากเทคโนโลยีดังกล่าวสามารถอ่านลำดับ DNA และ RNA ของสิ่งมีชีวิตไม่ว่าจะเป็น พืช, สัตว์, แบคทีเรีย, ยีสต์ รวมไปถึงไวรัส แล้วนำมาวิเคราะห์หาสายพันธุ์ ความผิดปกติทางพันธุกรรม และโรคต่างๆ

ในหน่วยงานขนาดใหญ่จะมีเครื่อง Next Generation Sequencing ที่สามารถอ่านข้อมูลในส่วนนี้ได้ โดยจะมีลำดับการทำงานคือ การสกัดสารพันธุกรรม (DNA หรือ RNA), การเตรียม library, การ sequencing และการวิเคราะห์ผล

รูปที่ 1 ขั้นตอนการทำ Next Generation Sequencing

ขั้นตอนที่สำคัญในการทำ NGS ที่จะต้องใช้กำลังคนนั่นคือการเตรียม library preparation โดยส่วนใหญ่แล้วจะใช้เวลาค่อนข้างนาน และมักพบกับความสับสน เนื่องจากตัวอย่างที่มีจำนวนมาก ลำดับการเตรียมตัวอย่างที่ซับซ้อน หรือตัวอย่างที่เป็น Degraded DNA รวมถึง FFPE หรือ cfDNA ที่เตรียม library ได้ยาก ได้ความเข้มข้นต่ำปัญหานี้จะหมดไป เมื่อท่านได้พบกับ Collibri library preparation kit ภายใต้บริษัท ThermoFisher Scientific ที่มีความโดดเด่นดังนี้

  1. ในขั้นตอนการเตรียม Library จะมีการเปลี่ยนสีที่แตกต่างกันออกไป เมื่อเติมสารต่างๆ ทำให้ผู้ใช้งานสามารถทราบได้ว่าตนเองเตรียม library อยู่ในขั้นตอนใด และหลงลืมการเติมสารในตัวอย่างใดบ้าง

รูปที่ 2 Collibri preparation kit จะมีการเปลี่ยนสีเมื่อเติม reagent แต่ละขั้นตอน

  1. ผู้ใช้งานสามารถเลือกใช้ index ได้ทั้งแบบ Combinatorial Dual Indexes (CDIs) ที่มี index ในส่วน 5’ แตกต่างกัน และ 3’ index ที่เหมือนกัน หรือ Unique Dual Indexes (UDIs) มี index ในส่วน 5’ และ 3’ index ที่แตกต่างกัน

รูปที่ 2 Index adaptor แบบ Combinatorial Dual Indexes (CDIs) และ Unique Dual Indexes (UDIs)

  1. ผู้ใช้งานสามารถเลือกการ shearing sample ได้ตามความต้องการ เนื่องจาก Collibri มีทั้ง library ที่เป็น physical shearing (PS) และ enzymatic shearing (ES)
  2. กรณีที่ความเข้มข้นของ DNA หรือ RNA ค่อนข้างสูง สามารถเลือกใช้ Collibri PCR free เพื่อลดระยะเวลาในการทำงาน

รูปที่ 4 เปรียบเทียบข้อแตกต่างระหว่าง physical shearing (PS) และ enzymatic shearing (ES)

  1. สามารถใช้กับกับเครื่อง Illimina ได้ทุก Platform เนื่องจากมี index ที่ต่อด้วย P5 และ P7 เช่นเดียวกับ library preparation kit ของ illumina

รูปที่ 5 Collibri มี index ที่ต่อด้วย P5 และ P7 เช่นเดียวกับ library preparation kit ของ illumina

สนใจดูข้อมูลเพิ่มเติมได้ที่
http://www.thermofisher.com/collibri หรือติดต่อแผนก Technical support e-mail: TAS@3nholding.com หรือฝ่ายงาน Life Science product โทร 022748331


X